Le Conseil National de l'Ordre National des Médecins du Togo, dans l'exercice de ses attributions, s'appuie sur des commissions. Les commissions proposent et exécutent les activités validées par le Conseil. Chaque commission soumet semestriellement un rapport de ses activités au Conseil. Chaque commission est composée d'au moins trois (03) conseillers. Une commission peut, au besoin, faire appel à toutes personnes ressources. (Articles 23-28 du règlement intérieur de l'ONMT).
Cinq commissions accompagnent le Conseil dans l'exécution de ses activités. Au besoin des commissions ad'hoc travaillent aussi sur des thèmes bien définis.